Skt. Michael Stiftelsen købte Rygaard i 1930 med henblik på at indrette bygningerne til brug som katolsk kloster og skole. Allerede året efter blev der fremsendt andragende til Gentofte kommune om installation af nyt centralvarmeanlæg i hovedbygningen til erstatning for opvarmning med kakkelovne. Ombygningerne blev fortsat i de efterfølgende år med planer for opførelse af en ny klosterbygning, kirke, pensionat for unge piger samt en skolebygning (11). I 1934 blev en del af projektet realiseret ved opførelse af en tilbygning mod nord, der skulle fungere som mellembygning til den projekterede kirke og danne pendant til annekset syd for hovedbygningen for at opretholde symmetri omkring hovedbygningen.

Kirken blev opført i 1935 efter projekt af arkitekt Alf Cock Clausen. I den efterfølgende periode var sidelængen mod syd fortsat udlejet til beboelse, men den var åbenbart i fremskridende forfald, idet det er fremsendt klager til borgmesteren over miseren og en efterfølgende ansøgning om at udskifte stråtaget med eternit skifer blev afvist af stadsarkitekt Poul Holsøe med den begrundelse, ‘..at taget på Stiftelsens hovedbygning er beklædt med blåsorte skiferplader, kirkebygningens tag er beklædt med blåsorte glaserede tagsten og bygningskompleksets helhedsbillede kan meget let slås i stykker, såfremt tagbeklædningen på den omhandlede længe ikke kan bringes til at harmonere med de øvrige tage’.

Efterfølgende søges der om nedrivningstilladelse af sydlængen i 1951 og den store skolebygning blev opført i 1957 på grundlag af et revideret projekt, der ligeledes blev udarbejdet af Cock-Clausen. Det efterfølgende år blev der indsendt andragende om at erstatte det faldefærdige træstakit ud mod Bernstorffsvej med et nyt hegn udført som hvidmalede, betonstøbte piller forbundet med jernlænker. Dermed kom Rygaard til i hovedtræk af fremstå i den udformning, som ses i dag.